Das mit dem 'rund' meinte ich als Erleichterung für das Messen, da du danach gefragt hast. Dadurch kannst du den Radius einfach addieren oder die Base als Punkt auffassen und einfach vom vorderen Rand messen, was aber eine leichte Regelabwandlung wäre, die aber bei den Grundregeln keine Rolle spielt, die erweiterten etwas weniger gut zu durchschauen machen würde.
Die Hexbasen haben sich -wohl ursprünglich wegen der Verfügbarkeit- eingebürgert. Laut Regeln ist es ausdrücklich egal, wie du basierst. Das Zentrum des Schiffs, was ich als Schwerpunkt, bzw. den Punkt verstehe, an dem das Schiff auf den Stand gesteckt wird, dient dem Messen. Nimm als Base, was dir ästhetisch gefällt und für dich funktioniert.
Bei Full Thrust kannst du dir die Buchführung erleichtern, wenn du auf die Base noch ein Würfelchen und/oder Markierungen legen kannst. Lies dir die Regeln -die mittlerweile kostenlos herunterladbar sind, wenn ich richtig informiert bin- durch, da kommst du schon auf einige Ideen, was sinnvoll auf die Base könnte statt auf den Statusbogen am Spielfeldrand. Etwa, ob der Antrieb beschädigt oder ausgefallen ist.
Ja, die Höhenposition ist eigentlich nebensächlich. Es sieht natürlich besser aus, wenn alles auf der selben Höhe über dem Tisch schwebt. Bei den Fightergruppen kannst du die Fighter abnehmbar gestalten, dann kannst du die abgeschossenen Jäger einfach vom Tisch nehmen. Alternativ kann die Zahl durch einen Würfel auf oder neben der Base angezeigt werden.